Mein Evolution begrüßte mich heute mit der Meldung:

Zusammenfassung und Ordner stimmen nicht überein, sogar nach einem Datenabgleich!

Wer dies als Suchbegriff bei Google eingibt, landet bald im ubuntuusers Forum. Allerdings hat es bei mir gereicht (zumindest bis jetzt), die folgenden Befehlsfolgen abzusetzen:

Evolution komplett abschalten mit:

evolution --force-shutdown

Eine Sicherungskopie von ~/.evolution anlegen:

cp -r .evolution/ /home/benutzername/Desktop/evolutionbackup/

Dann ins Verzeichnis ~/.evolution/mail/local wechseln und dort die Indexdateien löschen:

cd ~/.evolution/mail/local
find -name "*.cmeta" -exec rm -f {} \\;
find -name "*.ibex.index.data" -exec rm -f {} \\;
find -name "*.ibex.index" -exec rm -f {} \\;

Wenn das allein nicht hilft, so die Anleitung oben, dann hilft ein

rm ~/.evolution/mail/local/Inbox
touch Inbox

Danach Evolution offline starten mit:

evolution --component=mail --offline

Beim Durchklicken der vorhandenen Ordner (langsam arbeiten!) legt Evolution dann die Indexdateien wieder an. Der Rest des Tipps (Löschen des Posteingangsordners) war bei mir nicht nötig.