Veränderungen in einem TrueCrypt Container gehen in den Grundeinstellungen von TrueCrypt nahtlos an der mtime der Datei vorbei. Dies führt dazu, dass die Container nicht von Programmen wie BackinTime oder anderen auf rsync basierenden Backuplösungen gesichert werden. Mit den folgenden Einstellungen klappt es dann doch:

In den Einstellungen den Haken bei „Preserver modification timestamp of file containers“ entfernen und

einen Haken bei „Do not use kernel cryptographic services“ setzen, damit die vorher getroffene Einstellung wirksam werden kann.