Der Unterschied bei 64 Bit Clients zu der Konfiguration von 32 Bit Clients ist minimal und eigentlich ergibt sich dieser aus der odbcinst.ini selbst:

[MYSQL]
Description    = MYSQL
Driver        = /usr/lib
Driver64    = /usr/lib/odbc/libmyodbc.so
Setup        = /usr/lib
Setup64        = /usr/lib/odbc/libodbcmyS.so
UsageCount    =
CPTimeout    =
CPReuse        =
FileUsage    = 1

Wie leicht zu sehen ist wurden die Zeilen Driver und Driver64 sowie Setup und Setup64 vertauscht. Jetzt gilt es, die Zeichensatzprobleme in den Griff zu bekommen.